Ngày 31 tháng 5 năm 1991, Phó tế Giuse Ngô Quang Kiệt được Giám mục Phó Giáo phận Long Xuyên Gioan Baotixita Bùi Tuần phong chức linh mục tại Nhà thờ chính tòa Long Xuyên. Sau khi thụ phong linh mục, Tân linh mục Kiệt được bổ nhiệm làm linh mục phó Nhà thờ chính toà Long Xuyên.[10] Dù bạn thân là Vũ Duy Thống đã ra đi học tại Đại Chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn và được thụ phong linh mục năm 1985, nhưng cả hai một lần nữa cùng được cử đi du học vào ngày 3 tháng 12 năm 1993,[17] và đều học tại tại Học viện Công giáo Paris (Institut Catholique de Paris).[20] đặt tại Paris, Pháp.[18]

Năm 1997, sau khi tốt nghiệp Học viện Công giáo Paris, linh mục Giuse Ngô Quang Kiệt trở về Việt Nam và giáo phận Long Xuyên để tiếp tục thực hiện việc mục vụ[gc 1]. Ông được bổ nhiệm vào chức vị mới là linh mục Chưởng ấn Toà Giám mục Long Xuyên.[18]

Nhân dịp kỉ niệm 25 năm linh mục, Giuse Ngô Quang Kiệt - lúc này đã hồi hưu, nhắc nhớ về thời kì này:[22] Tôi gắn bó với những hoàn cảnh nghèo khổ. Chịu chức linh mục thời đất nước đi vào nghèo khổ. Tôi đã sống giữa người nghèo mới. Những sĩ quan đi học tập cải tạo về. Những đại gia phá sản. Đặc biệt sau thất bại của chính sách giá, lương, tiền khiến người nghèo càng nghèo hơn.